Cofactors

NAD⁺

• Ald
• AraM
• BacC
• BdhA
• DhaS
• IolX
• LplD
• IolG
• GapA
• GutB
• RocG
• GudB
• Mdh
• MelA
• NasE
• NtdC
• RhaEW
• Tdh
• TyrA
• YcbD
• YycR

NADP⁺

• DapB
• GapB
• Hom
• HypO
• Icd
• IolW
• IolU
• Nos
• ProG
• ProH
• ProI
• QueF
• YhdA
• YhdN
• YhfP
• YmfI
• YqkF
• YtsJ
• YugJ
• YvgN

FAD

• AcdA
• AcoL
• AhpF
• AlsS
• AroF
• CysJ
• CypB (YrhJ)
• EtfA
• EtfB
• FadE
• FadM
• GidA
• GlpD
• HemY
• Hmp
• IlvB
• LpdV
• MmgC
• MurB
• NadB
• NasB
• NasD
• Nox
• PdhD
• PucC
• PutB
• PyrK
• RibC
• SdhA
• ThiO
• TrmFO
• TrxB
• YdbM
• YcgT
• YdaP
• YetM
• YetO
• YgaK
• YhjG
• YitJ
• YitY
• YjlD
• YngJ
• YoaI
• YobN
• YqiG
• YsfC
• YumB
• YumC
• YurR
• YutJ
• YvdP

FMN

• CmoJ
• CmoO
• CysJ
• DusB1
• DusB2
• GltA
• HypO
• PyrD
• YqjM
• YtvA
• YxeK

Additional Flavoproteins

• YacF
• NdhF
• YclD
• YcnD
• YddN
• YdeQ
• YdfE
• YerD
• Nos
• YfjN
• YusL
• YusZ
• YvbT
• YwrO
• NfrA

Peter Macheroux, Barbara Kappes, Steven E Ealick
Flavogenomics--a genomic and structural view of flavin-dependent proteins.
FEBS J: 2011, 278(15);2625-34
[PubMed:21635694] [WorldCat.org] [DOI] (I p)

S-adenosyl-L-methionine (SAM)

• HemN
• MoaA
• TrmB
• TrmK
• YacO
• YcgJ
• YrrM
• YrrT
• YsgA
• YtqB
• YqeM
• YqxC

Menachinone

• ForC1
• ForC2

Biotin

• AccB
• PycA
• YngHB

Cobalamin

• QueG

Calcium

• Abn2

Copper

• CotA
• CtaC (Cu(A))
• CtaD (Cu(B))
• QoxB (Cu(B))
• Sco

---

Ammonium

• CoaX

Nickel

• YugJ
• UreA-UreB-UreC (urease), the nickel ion binds the active site in UreC

Magnesium

• DesK
• EngA
• ExoR
• FosB
• HutP
• KtrA
• MrfB
• YwpJ
• RnhB
• RsbU
• TagT
• TagU
• TagV
• TsaE

Manganese

• AlsS
• CdaA
• ComEC
• CotH
• DisA
• LplD
• LtaS
• MelA
• MutT
• NrdF
• NrnA
• OxdC
• PgpH
• PpaC
• RecJ
• RnhB
• RnhC
• RocB
• RocF
• RsbU
• SpoIIE
• YerA
• YhfI
• YisK
• YloC
• YpgQ
• YvcI

dimanganic-tyrosyl radical cofactor

• NrdF

Zinc

• BshB1
• ComFA
• ComFB
• CsfB
• FakA
• LdcB
• RpmE
• RpmGA
• RpmGB
• RpsN
• RtpA
• SpoIVFB
• SufU
• YbgG
• YitJ
• YqgT

MoCo (molybdenum cofactor, molybdopterin)

• ForC1
• ForC2
• NarG
• NasC

Iron-sulfur cluster

• AddB
• AlbA
• BioB
• CitB
• CysI
• Fer
• Fnr
• ForC1
• ForC2
• GltA
• GltB
• HemN
• HemZ
• IlvD
• IspG
• IspH
• KamA
• LeuC
• LipA
• LutB
• MmgE
• MoaA
• MtaB
• MutY
• NadA
• NarG
• NarH
• NasC
• NasD
• NasE
• NsrR
• Nth
• PucE
• PurF
• PyrK
• QcrA
• QueE
• QueG
• RlmCD
• SdaAA
• SdaAB
• SdhB
• SkfB
• SplB
• SufA
• SufB
• ThiC
• YaaT
• YfjO
• YloN
• YmcB
• YsfD

[2 Fe-2 S] cluster

• ForC1
• ForC2
• YoaE
• YyaE
• YydG
• YhfW
• YfkA
• YtqA
• FadF
• PyrK

Heme A

• CtaD

Heme b

• CydA
• CydB
• NarI
• Nos
• QcrB

Heme d

• CydA
• CydB

Protoheme IX

• EfeB

Heme (unspecified )

• CysI

Thiamine pyrophosphate, TPP

• AcoA
• AlsS
• BkdAA
• Dxs
• IlvB
• IolD
• OdhA
• PdhA
• Tkt
• YdaP

Lipoic acid

E2 subunits of ketoacid dehydrogenases/ acetoin dehydrogenase

• PdhC
• OdhB
• AcoC
• BkdB

H protein of the glycine cleavage system

• GcvH (also required for LipL-catalyzed octanoyl transfer from AcpA to the E2s)

Pyridoxyl phosphate, PLP

• AlaT
• Alr
• ArgD
• AspB
• BacF
• BioA
• BioF
• CysK
• Dat
• DsdA
• EpsN
• GabR
• GabT
• GcvPB
• GlgP
• GlyA
• GsaB
• HemL
• HisC
• IlvA
• KamA
• Kbl
• LysA
• MccA
• MccB
• MetC
• MetI
• MtnE
• NifS
• NifZ
• NtdA
• PabC
• PatA
• PatB
• PucG
• RocD
• SerC
• SpeA
• SpsC
• SufS
• ThrC
• TrpB
• YaaO
• YbgE
• YcbU
• YcxD
• YdeF
• YdeL
• YdfD
• YhdI
• YhdR
• YhxA
• YisV
• YlmE
• YnbB
• YncD
• YodT
• YrvO
• YtkP
• YwaA

Tetrahydrofalate

• GcvT

Methylene-THF

• TrmFO