Talk:SubtiPathways

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General comments about all diagrams

• There seem to be some compatibility problems using Google Chrome. Nonetheless, Mozilla Firefox, Netscape, Microsoft Explorer, Safari, and Opera are working properly.
• Comments in brackets have been changed in the original files, but have not been uploaded yet.

Carbon metabolism

Central carbon metabolism

• (Please check whether the "y" genes in the diagrams have already new names. For example, yqjH is polY1. If you are on the PolY1 page in subtiwiki and you get the link to the pathway it is not obvious whtat to look for (PolY1) is not in the list. Jörg)

Utilization of different carbon sources

• (sugar between gluconate and xylose = beta-xylosides)

Nitrogen and amino acid metabolism

Ammonium assimilation and glutamate metabolism (incl. glutamine and arginine)

• (die Anordnung der einzelnen Teile in diesem Diagramm ist suboptimal, sie sollten noch mal verschoben werden (Jörg))
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Alanine, glycine, serine

• der Glycin-Abbau über gcvT, gcvPA, gcvPB und gcvH fehlt (Jörg)
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Aspartate, asparagine

• (warum ist YveA hier nicht drin?)
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Cysteine, methionine

• Repel: Eventuell Einbindung von Extramarkern für die S-Box (bzw. alle riboswitches)???? Es gibt ja dafür extra Seiten im Subtiwiki. Sollte man aber erst mal mit Lope und Arne diskutieren (Jörg)
• Cystin-Aufnahme-Systeme mit aufnehmen: TcyP, TcyABC, TcyJKLMN (Jörg)

Histidine

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Isoleucine, valine, leucine

• (beim Abbau Acyl-CoA nicht coA)
• Isoleucin-Abbau: Bcd und YwaA sind zwei unterschiedliche Reaktionen, Bcd geht mit NAD, nicht mit 2-KG (Jörg)

Lysine, threonine

• (SpoVF hieß das früher, jetzt sind es zwei Proteine (SpoVFA und SpoVFB), die kommen ja auch im Regulationsteil vor und sind richtig zu SubtiWiki verlinkt. Man sollte da also oben auch den Komplex aus beiden reinmachen und dann das Popup-Fenster entspechend verändern. Ich kopiere diese Message auhc mal auf die SubtiPathways-Wishlist, dann könnte das in einer größeren Überarbeitungsaktion mal in Angriff genommen werden.)

Phenylalanine, tyrosine, tryptophan

• (pyr rot)
• (Reaktionen Chorismat ---> Folat bzw. Menachinon stimmen nicht (sind viel komplizierter, dafür gibt es auch eigene Diagramme, am besten beide hier raus nehmen)) --> hab die Proteine an diesen Reaktionen herausgenommen und die Reaktionspfeile ersetzt, jetzt wird symbolisiert, dass bekannte Reaktionen zu Chorismat und Menachinon führen --> jetzt vielleicht Verlinkung zu den entsprechenden Diagrammen?

Proline

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Nucleotides

Gene regulation of nucleotides

• (dut nicht in SubtiWiki --> ist vermutlich yncF (dUTP diphosphatase, Bezeichnung dut aus Paper Goelzer), im Diagramm ändern, Dut als Synonym übernehmen?)
• (RpsA nicht in SubtiWiki --> ist vermutlich ypfD (RpsA = Homolog aus E.coli, Bezeichnung aus Paper Goelzer), im Diagramm ändern!)

Nucleosides catabolism

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Purine metabolism

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Purine catabolism

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Purine salvage pathways

• (RelA muss groß geschrieben werden)
• (GucA nicht in SubtiWiki)

Pyrimidine metabolism

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Metabolism of cofactors

CoA synthesis

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Folate biosynthesis

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Menaquinone

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Other pathways

Cellwall

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Stress response

• (PurP muss PurS sein)
• (SpoVt muss SpoVT sein)
• (sigB groß)
• (sigF groß)
• (glutamate (bei Prolinsynthese) lila)
• (OpuAABCD muss OpuB(ABCD) sein)

Sulfate assimilation

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tRNA charging

• Arne, wir hatten doch eine Extra-Diskussion über die Rolle von TilS. Das fehlt hier aber! Jörg