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'''Sehr geehrte GWDG-Kundin, sehr geehrter GWDG-Kunde,'''
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<big>Welcome to '''''Subti''Wiki'''! </big> - ''Bacillus subtilis'' annotation the "wiki" way!<br/>
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[[File:Start_page_small.png|right|link=http://www.subtiwiki.uni-goettingen.de/]]
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[[File:Playground_small.png|right|link=http://www.subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki/index.php/Playground]]
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[[File:Wish_List_small.png|right|link=http://www.subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki/index.php/Wish_List]]
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<big>'''Contact:'''</big> [http://wwwuser.gwdg.de/~genmibio/stuelke.html General Microbiology, University of Göttingen], [mailto:jstuelk@gwdg.de send mail]
  
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Ihr Wiki wurde installiert und kann nun von Ihnen genutzt werden. Bitte beachten Sie noch folgende Hinweise:
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__TOC__
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<big>'''Upcoming events:'''</big>
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=== Allgemein ===
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* The [http://www.bacillus-2017.de/ 19th International Conference on Bacilli & Gram-Positive Bacteria] organized by [[Jörg Stülke]] will take place from June 11 to June 15, 2017, in Berlin, Germany. [http://www.bacillus-2017.de/ Conference website]
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* [[Past conferences]]
  
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==== Impressum ====
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* '''''Hinweis''''': Der Wiki-Link '''Impressum''' muss in öffentlich zugänglichen Wikis jederzeit einsehbar sein! Ein Beispiel für ein Impressum siehe [http://www.gwdg.de/impressum.html Impressum GWDG Webauftritt]
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<big>'''New: Subtiwiki is now on [http://www.facebook.com/pages/SubtiWiki/201847669864806 Facebook] - please give it a +1!'''</big>
  
  
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==== Lektüretipps ====
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* Christoph Lange: ''Wikis und Blogs'' Planen, Einrichten und Verwalten, Computer & Literatur Verlag GmbH, Böblingen 2007, 1. Auflage, ISBN 3-936546-44-4
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<big>'''Now online: A new description of ''Subti''Wiki and its acompanying modules in the [https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkv1006 2016 Database issue of Nucleic Acids Research]'''</big>
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* Hilfe zur Benutzung der Software MediaWiki finden Sie im
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<pubmed> 24178028 </pubmed>
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:* [http://meta.wikimedia.org/wiki/Hilfe:Handbuch Benutzerhandbuch] Deutsch
 
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:* [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents Wiki Benutzerhandbuch] Englisch
 
  
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=== Benutzerverwaltung im Wiki ===
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Die Zugehörigkeit Ihrer Benutzer zu Gruppen verwalten Sie über die Seite Spezial:Benutzerrechte.
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<big>'''Paper of the month: August 2015'''</big>
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Näheres zu diesem Thema finden Sie unter: http://meta.wikimedia.org/wiki/Setting_user_rights_in_MediaWiki.
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* The cells in a biofilm experience very different conditions: While the inner cells are well protected from any harm from the environment, they have on the other hand only poor access to nutrients. For the cells on the edge of the biofilm, it is just the other way round. Now, [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26200335 Liu et al.] from the lab of [[Gürol M. Süel]] have discovered oscillation in the [[biofilm formation|growth of the biofilm]]. These oscillations serve to provide the inner cells with access to nutrients. These oscillations are caused by metabolic co-dependence between cells in the biofilm periphery and interior that is driven by [[glutamate metabolism|glutamate consumption and ammonium production]], respectively.
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* '''Relevant ''Subti''Wiki pages:''' [[Gürol M. Süel]], [[glutamate metabolism|glutamate consumption and ammonium production]], [[biofilm formation]]
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* see [http://microbepost.org/2015/08/05/conflict-and-co-operation-in-bacterial-communities/ a blog presenting this paper]
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<pubmed>26200335</pubmed>
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* [[Previous papers of the month]]
  
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<big>'''New procedure for account creation:'''</big>
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* Due to massive spam attacks, we had to change our policy for the creation of accounts. If you want to create an account, just [mailto:jstuelk@gwdg.de send me a mail]. We will create the account for you as quickly as possible, then you can change your password. This does not affect existing accounts, which remain active. <br/>
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* '''Please remember that all members of the ''Bacillus'' community are invited to create accounts and to contribute to ''Subti''Wiki!'''
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<big>'''News in ''Subti''Wiki:'''</big>
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* '''August 2014:''' The first mobile application for ''Subti''Wiki is now available for users of Android phones: Go for SubtiWiki in Google Play! IPhone users, please be patient! You will be served next! [https://play.google.com/store/apps/details?id=de.goettingen.uni.genmibio.subtimobile&hl=en Click here to install!]
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* '''April 2013:''' SubtiWiki uses a new, faster Mediawiki platform! The times for page access are significantly reduced. Enjoy!
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* '''March 2013:''' updated Excel files that map all genes to [[categories]] and [[regulons]] as well as the general updated [http://www.subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki/index.php/File:SubtiWiki_id_mapping.xls identity mapping] of all genes were uploaded.
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* '''October 2012''': the [[essential genes]] have been categorized
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* '''September 2012''': 300 mutant strains available at the [http://www.bgsc.org BGSC] were added to the corresponding gene pages
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* '''August 2012''': [http://subtiwiki.uni-goettingen.de/apps/expression/ ''Subti''Express], the new compagnon of ''Subti''Wiki devoted to gene expression is online! Try it out!
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* '''April 2012:''' Links for expression data under 104 different conditions (based on [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22383849 Nicolas ''et al''., 2012]) have been added to the expression section of the individual gene pages
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* '''April 2011:''' [http://cellpublisher.gobics.de/subtinteract/startpage/start/ ''Subt''Interact], a presentation of [[protein-protein interactions]] in ''B. subtilis'', is online!
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* '''December 2010:''' [http://cellpublisher.gobics.de/scp.html SubtiCellPublisher] allows the conversion of CellDesigner diagrams to navigatable presentations in the style of [[SubtiPathways]]
  
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=== Konfiguration ===
 
  
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==== Getting started ====
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{| border="0" cellpadding="1"
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Hilfe zur Benutzung und Konfiguration der Wiki Software: [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents Benutzerhandbuch].
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|width="300"|<big>'''Genes''' (examples)</big>
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|width="300"|<big>'''Additional pages'''</big>
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* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings Liste der Konfigurationsvariablen]
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|- style="height:20px"
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* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ MediaWiki-FAQ]
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| ''[[spo0A]]'' || '''[[template]]'''
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* [http://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce Mailingliste neuer MediaWiki-Versionen]
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|-
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| ''[[glnA]]'' ||  '''[[the people behind SubtiWiki|the people behind ''Subti''Wiki]]'''
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==== Allgemein ====
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* Änderungen an der Konfiguration Ihres Wiki nehmen Sie auf dem Server vweb5.gwdg.de in der Datei <Pfad_zu_Ihrem_Wiki>/'''LocalSettings.php''' vor. Hier können Sie z.B. eintragen:
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| ''[[rny]]'' ||  '''[[labs working on Bacillus|labs working on ''Bacillus'']]'''
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* Die Zugehörigkeit Ihrer Benutzer zu Gruppen verwalten Sie über die Seite Spezial:Benutzerrechte. Näheres zu diesem Thema finden Sie unter [http://meta.wikimedia.org/wiki/Setting_user_rights_in_MediaWiki Benutzern, Gruppen und Zugriffsrechten] im englischsprachigen Wiki-Handbuch.
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* Wenn Sie das gesamte Wiki nach IP-Adressen oder durch Authentifizierung schützen möchten, können Sie das auch mit Hilfe von htaccess tun. Sprechen Sie bitte einen Systemadministrator bei der GWDG an, wenn Sie dies wünschen.
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| ''[[psdA]]'' || '''[[Regulons]]'''
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==== Logo-URL ====
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| ''[[pckA]]'' || '''[[methods]]'''  
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:* Die URL zum Logo für Ihr Wiki. Sie können einen externen URL zu Ihrem Logo auf einem anderen Server setzen. Die Variable dafür ist '''$wgLogo'''.
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  '''$wgLogo = "http://URL/zum/Name_der_Logodatei.gif";'''
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| ''[[dnaA]]'' || '''[[metabolism]]'''  
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==== Dateien hochladen ====
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| ''[[rnpA]]'' ||  '''[[categories]]'''  
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:* Bestimmen, ob BenutzerInnen Dateien ins Wiki hochladen dürfen. Standardmäßig ist diese Option nicht freigeschaltet. Wenn Sie das Hochladen zulassen möchten, setzen Sie die Variable '''$wgEnableUploads''' auf '''true'''
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|-
−
'''$wgEnableUploads = true;'''
+
| ''[[sigB]]'' || '''[[genome-wide analyses]]'''
−
 
+
|-
−
==== Lizenztyp einstellen ====
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| ''[[ptkA]]'' || '''[[list of plasmids]]'''
−
 
+
|-
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<pre>
+
| ''[[mreC]]'' || '''[[labs working on Bacillus|labs working on ''Bacillus'']]'''
−
## For attaching licensing metadata to pages, and displaying an
+
|-
−
## appropriate copyright notice / icon. GNU Free Documentation
+
|  ||
−
## License and Creative Commons licenses are supported so far.
+
|}
−
$wgEnableCreativeCommonsRdf = true;
+
<br>
−
$wgRightsPage = ""; # Set to the title of a wiki page that describes your license/copyright
+
<big>'''Publications describing ''Subti''Wiki and ''Subti''Pathways:'''</big>
−
$wgRightsUrl = "http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html";
+
<div style="width:73%"><pubmed>20157485 19959575 22096228 24178028 </pubmed></div>
−
$wgRightsText = "GNU Free Documentation License 1.2";
+
<br><br><br><br><br><br>
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$wgRightsIcon = "${wgScriptPath}/skins/common/images/gnu-fdl.png";
 
−
# $wgRightsCode = "gfdl"; # Not yet used
 
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</pre>
 
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=== Lizenzhinweise ===
 
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* Hier finden Sie allgemeine Hinweise zu Lizenztypen, die Sie in ihrem neu erstellten Wiki nutzen können. Wie diese technisch in der LocalSettings.php eingestellt werden, finden Sie weiter oben unter [[#Lizenztyp einstellen|Konfiguration, Lizenztyp einstellen]]<!-- Achtung, hier mussten wir mit einem relativen Anker auf die eigene Seite arbeiten. Technisch OK, sieht aber etwas trickie aus -->.
 
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==== ''Public Domain'' - Verzicht auf alle Rechte ====
 
−
In den angelsächsischen Ländern gibt den Status ''Public Domain'', also der Gemeinfreiheit. Wer sein Werk so zur Verfügung stellt, verzichtet auf sein Copyright. Das Werk wird dann der Allgemeinheit zur Verfügung gestellt.
 
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In Deutschland tritt ein solcher Zustand erst 70 Jahre nach dem Tod des Urhebers ein und der Zustand ''Public Domain'' kann nicht erzwungen werden.
 
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Unter http://www.ethical-publicdomain.org wurde das Verständnis von ''Public Domain'' weiterentwickelt und soll auch sinngemäß in Deutschland angewendet werden. Zusammengefaßt soll der Author (in einem Wiki) nicht durch eine generelle ''Public-Domain''-Lizenzvereinbarung dazu gezwungen werden, auf seine Rechte zu verzichten. Vielmehr sollen bestimmte Passagen als geschützt gekennzeichnet werden dürfen, um dafür den normalen urheberrechtlichen Schutz zu genießen.
 
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−
==== GNU FDL (''Copyleft'') ====
 
−
Die Free Software Foundation hat für freie Software die Idee des ''Copyleft'' als Gegensatz zum Copyright entwickelt. Mit einer ''Copyleft''-Lizenz bleibt das Werk unter urheberrechtlichem Schutz, darf aber darüber hinaus vielfältig genutzt, verändert und (auch kommerziell) verarbeitet werden. Weitere Informationen zur GNU FDL oder GFDL, zu deutsch GNU-Lizenz für freie Dokumentation finden Sie unter: http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html. Die ursprünglich für die Dokumentation von GPL-lizenzierter Software wurde für das GNU-Projekt entwickelt und wird heute auch in der Wikipedia angewandt. Allgemeine Informationen zur Anwendung der GNU FDL auf Wikis gibt es im MeatballWiki unter http://www.usemod.com/cgi-bin/mb.pl?FreeDocumentLicense.
 
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==== Creative Commons (CC) - die maßgeschneiderte Lizenz ====
 
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Creative Coomons ist eine gemeinnützige Organisation, gegründet von dem Juristen Lawrence Lessig, die verschiedene fein abgestufte Lizenzmodelle entwickelt hat, aber nicht für Software(!). Das Motto lautet "manche Rechte vorbehalten". Die Lizenzen von Creative Commons bieten verschiedene Stufen von dem allgemeinen Urheberrecht (all rights reserved) bis hin zu Public Domain (no rights reserved). Auf der Web Seite http://creativecommons.org/about/license/meet-the-licenses werden alle verfügbaren Lizenzen vorgestellt. Die deutsche Webseite zu Creative Commons finden Sie unter http://de.creativecommons.org/.
 
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'''Viele Grüße<br />'''
 
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Das [mailto:gwdg-wiki@gwdg.de Wiki-Team] der GWDG
 

Latest revision as of 10:15, 22 February 2017

Welcome to SubtiWiki! - Bacillus subtilis annotation the "wiki" way!

Start page small.png
Playground small.png
Wish List small.png


Contact: General Microbiology, University of Göttingen, send mail


Upcoming events:


New: Subtiwiki is now on Facebook - please give it a +1!



Now online: A new description of SubtiWiki and its acompanying modules in the 2016 Database issue of Nucleic Acids Research

Raphael H Michna, Fabian M Commichau, Dominik Tödter, Christopher P Zschiedrich, Jörg Stülke
SubtiWiki-a database for the model organism Bacillus subtilis that links pathway, interaction and expression information.
Nucleic Acids Res: 2014, 42(Database issue);D692-8
[PubMed:24178028] [WorldCat.org] [DOI] (I p)



Paper of the month: August 2015

Jintao Liu, Arthur Prindle, Jacqueline Humphries, Marçal Gabalda-Sagarra, Munehiro Asally, Dong-yeon D Lee, San Ly, Jordi Garcia-Ojalvo, Gürol M Süel
Metabolic co-dependence gives rise to collective oscillations within biofilms.
Nature: 2015, 523(7562);550-4
[PubMed:26200335] [WorldCat.org] [DOI] (I p)


New procedure for account creation:

  • Due to massive spam attacks, we had to change our policy for the creation of accounts. If you want to create an account, just send me a mail. We will create the account for you as quickly as possible, then you can change your password. This does not affect existing accounts, which remain active.
  • Please remember that all members of the Bacillus community are invited to create accounts and to contribute to SubtiWiki!



News in SubtiWiki:

  • August 2014: The first mobile application for SubtiWiki is now available for users of Android phones: Go for SubtiWiki in Google Play! IPhone users, please be patient! You will be served next! Click here to install!
  • April 2013: SubtiWiki uses a new, faster Mediawiki platform! The times for page access are significantly reduced. Enjoy!
  • March 2013: updated Excel files that map all genes to categories and regulons as well as the general updated identity mapping of all genes were uploaded.
  • October 2012: the essential genes have been categorized
  • September 2012: 300 mutant strains available at the BGSC were added to the corresponding gene pages
  • August 2012: SubtiExpress, the new compagnon of SubtiWiki devoted to gene expression is online! Try it out!
  • April 2012: Links for expression data under 104 different conditions (based on Nicolas et al., 2012) have been added to the expression section of the individual gene pages
  • April 2011: SubtInteract, a presentation of protein-protein interactions in B. subtilis, is online!
  • December 2010: SubtiCellPublisher allows the conversion of CellDesigner diagrams to navigatable presentations in the style of SubtiPathways



Genes (examples) Additional pages
spo0A template
glnA the people behind SubtiWiki
rny labs working on Bacillus
psdA Regulons
pckA methods
dnaA metabolism
rnpA categories
sigB genome-wide analyses
ptkA list of plasmids
mreC labs working on Bacillus


Publications describing SubtiWiki and SubtiPathways:

Raphael H Michna, Fabian M Commichau, Dominik Tödter, Christopher P Zschiedrich, Jörg Stülke
SubtiWiki-a database for the model organism Bacillus subtilis that links pathway, interaction and expression information.
Nucleic Acids Res: 2014, 42(Database issue);D692-8
[PubMed:24178028] [WorldCat.org] [DOI] (I p)

Ulrike Mäder, Arne G Schmeisky, Lope A Flórez, Jörg Stülke
SubtiWiki--a comprehensive community resource for the model organism Bacillus subtilis.
Nucleic Acids Res: 2012, 40(Database issue);D1278-87
[PubMed:22096228] [WorldCat.org] [DOI] (I p)

Lope A Flórez, Sebastian F Roppel, Arne G Schmeisky, Christoph R Lammers, Jörg Stülke
A community-curated consensual annotation that is continuously updated: the Bacillus subtilis centred wiki SubtiWiki.
Database (Oxford): 2009, 2009;bap012
[PubMed:20157485] [WorldCat.org] [DOI] (I p)

Christoph R Lammers, Lope A Flórez, Arne G Schmeisky, Sebastian F Roppel, Ulrike Mäder, Leendert Hamoen, Jörg Stülke
Connecting parts with processes: SubtiWiki and SubtiPathways integrate gene and pathway annotation for Bacillus subtilis.
Microbiology (Reading): 2010, 156(Pt 3);849-859
[PubMed:19959575] [WorldCat.org] [DOI] (I p)







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