Difference between revisions of "YbdK"

From SubtiWiki
Jump to: navigation, search
Line 1: Line 1:
−
* '''Description:''' [[two-component systems|two-component]] sensor kinase<br/><br/>
+
0808 <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a>  <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/\">http://loadinstructions1.pp.ua/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/\">http://manuals-ua.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=10\">http://manualsa.ru/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a>  <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a>  <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2</a>  <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10</a>   <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a>     <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a>     <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a>    <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a>    <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a>  <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a>      <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a>      <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=6\">http://manualsa.ru/?paged=6</a>      <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8</a>    <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a>    <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a>      <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a>
−
 
 
−
{| align="right" border="1" cellpadding="2"  
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Gene name'''
 
−
|''ybdK''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Synonyms''' || '' ''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Essential''' || no
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Product''' || [[two-component systems|two-component]] sensor kinase
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Function''' || unknown
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Gene expression levels in [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/ ''Subti''Express]''': [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/bsu/BSU02010 ybdK]
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Interactions involving this protein in [http://cellpublisher.gobics.de/subtinteract/startpage/start/ ''Subt''Interact]''': [http://cellpublisher.gobics.de/subtinteract/interactionList/2/YbdK YbdK]
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''MW, pI''' || 37 kDa, 5.212  
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Gene length, protein length''' || 960 bp, 320 aa
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Immediate neighbours''' || ''[[ybdJ]]'', ''[[ybdL]]''
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"|'''Get the DNA and protein [http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+&#91;EMBLCDS:CAB11995&#93;+-newId sequences] <br/> (Barbe ''et al.'', 2009)'''
 
−
|-
 
−
|colspan="2" | '''Genetic context''' <br/> [[Image:ybdK_context.gif]]
 
−
  <div align="right"> <small>This image was kindly provided by [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/ SubtiList]</small></div>
 
−
|-
 
−
|colspan="2" |'''[http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=ybdK_221950_222912_1 Expression at a glance]'''&#160;&#160;&#160;{{PubMed|22383849}}<br/>[[Image:ybdK_expression.png|500px]]
 
−
|-
 
−
|}
 
−
 
 
−
__TOC__
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
 
 
−
 
 
−
<br/><br/>
 
−
 
 
−
= [[Categories]] containing this gene/protein =
 
−
{{SubtiWiki category|[[protein modification]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[transcription factors and their control]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[membrane proteins]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[phosphoproteins]]}}
 
−
 
 
−
= This gene is a member of the following [[regulons]] =
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[ComK regulon]]}}
 
−
 
 
−
=The gene=
 
−
 
 
−
=== Basic information ===
 
−
 
 
−
* '''Locus tag:''' BSU02010
 
−
 
 
−
===Phenotypes of a mutant ===
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''DBTBS entry:''' [http://dbtbs.hgc.jp/COG/prom/ybdK.html]
 
−
 
 
−
* '''SubtiList entry:''' [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/genome.cgi?gene_detail+BG12724]
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
=The protein=
 
−
 
 
−
=== Basic information/ Evolution ===
 
−
 
 
−
* '''Catalyzed reaction/ biological activity:''' autophosphorylation, phosphorylation of [[YbdJ]]
 
−
 
 
−
* '''Protein family:'''
 
−
 
 
−
* '''Paralogous protein(s):'''
 
−
 
 
−
=== Extended information on the protein ===
 
−
 
 
−
* '''Kinetic information:'''
 
−
 
 
−
* '''Domains:''' two transmembrane segments, C-terminal histidine phosphotransferase domain
 
−
 
 
−
* '''Modification:''' autophosphorylation on a His residue
 
−
 
 
−
* '''Cofactor(s):'''
 
−
 
 
−
* '''Effectors of protein activity:'''
 
−
 
 
−
* '''[[SubtInteract|Interactions]]:'''
 
−
** [[YbdK]]-[[YbdJ]]
 
−
 
 
−
* '''[[Localization]]:''' cell membrane (according to Swiss-Prot)
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''Structure:'''
 
−
 
 
−
* '''UniProt:''' [http://www.uniprot.org/uniprot/O31433 O31433]
 
−
 
 
−
* '''KEGG entry:''' [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?bsu:BSU02010]
 
−
 
 
−
* '''E.C. number:'''
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
=Expression and regulation=
 
−
 
 
−
* '''Operon:''' ''ybdK'' [http://dbtbs.hgc.jp/COG/prom/ybdK.html DBTBS]
 
−
 
 
−
* '''Expression browser:''' [http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=ybdK_221950_222912_1 ybdK] {{PubMed|22383849}}
 
−
 
 
−
* '''Sigma factor:'''
 
−
 
 
−
* '''Regulation:'''
 
−
 
 
−
* '''Regulatory mechanism:''' [[ComK]]: positive regulation {{PubMed|11948146}}
 
−
 
 
−
* '''Additional information:'''
 
−
 
 
−
=Biological materials =
 
−
 
 
−
* '''Mutant:'''
 
−
 
 
−
* '''Expression vector:'''
 
−
       
 
−
* '''lacZ fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''GFP fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''two-hybrid system:'''
 
−
 
 
−
* '''Antibody:'''
 
−
 
 
−
=Labs working on this gene/protein=
 
−
 
 
−
=Your additional remarks=
 
−
 
 
−
=References=
 
−
 
 
−
<pubmed>10094672,11948146 ,20035725  </pubmed>
 
−
 
 
−
[[Category:Protein-coding genes]]
 

Revision as of 15:52, 8 August 2012

0808 <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/\">http://loadinstructions1.pp.ua/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/\">http://manuals-ua.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=10\">http://manualsa.ru/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=6\">http://manualsa.ru/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a>

Retrieved from "http://subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki//index.php?title=YbdK&oldid=174521"