Difference between revisions of "Tkt"

From SubtiWiki
Jump to: navigation, search
Line 1: Line 1:
* '''Description:''' transketolase <br/><br/>
+
1804 http://uqkqsgjm.posterous.com/k750i �������  � ��� ����������� ��������� � �������� k750i http://hecydurw.posterous.com/nokia-8600-luna ������� ��������� ��� �������� nokia 8600 luna http://jibtbdabk.posterous.com/123642219 ������� ��������� ��� �������� ����������� ������������ ������� � �������� ��������� http://qqtjygkjx.posterous.com/123442889 ������� ���� �� ��� ������� http://dooooqo.posterous.com/3gp-java ������������� 3gp java �� ������� ������� http://bmgioiqje.posterous.com/yf-k7 ������� ���� yf ������� �������� k7 http://kdnecdp.posterous.com/samsung-d-600 ������� �� ������� samsung d 600 ���� http://kjhkqmri.posterous.com/123531799 ������� ��������� ���� ��� ��������� http://rydtobgeq.posterous.com/sony-ericsson-k510i ������� ���������� ���� �� ��������� ������� sony ericsson k510i http://wmpuuh.posterous.com/nokia7610 ������� ���� �� ������� nokia7610 http://peogoux.posterous.com/nokia-71709 ������� ���� �� �������� nokia http://ihbfnnjoq.posterous.com/nokia-9300 ������� ���� �� ������� ���� ��� nokia 9300 http://ennyehhv.posterous.com/123461761 ������� ��������� �������� ��� �������� http://enczfc.posterous.com/fly-2080 ������� ��������� ��� �������� fly 2080 http://kxoirxtf.posterous.com/blok-d ������� ���� ��� ��������  blok d http://umdxwixeuf.posterous.com/mp4 ������� ��������� ������������� mp4 �� �������� http://bymkxqhu.posterous.com/123559899 ���� ���� �� ������� ������� http://zrpgdg.posterous.com/123582002 ������� ��������� ������ �������� �������� ��������� ������ http://sifeucqd.posterous.com/123498418 ������� ������ ���� ��� ���������� �������� ��� ��������� ��������� http://haennfju.posterous.com/lg-km900-arena ������� ��������� �� ��������� ������� lg km900 arena http://ujrjat.posterous.com/opera �������  ���� �� ������� opera http://rfapumhnx.posterous.com/750 ������� ���� ��� �������� ���� ������� � 750 �� http://enczfc.posterous.com/nokia-6131 ������� ���������� ��������� ��� ������������� ��������� nokia 6131 http://eaxiykmh.posterous.com/nokia-7210-super �������  ���� nokia 7210 super http://cqgjct.posterous.com/128-160 ������� ���� ��� �������� 128-160 http://cpjzrppn.posterous.com/sony-ericsson-k770i ������� ��������� ���� ���������� ��� �������� sony ericsson k770i http://bpamykir.posterous.com/nokia-6500 ������� ����� � ����������� ����������� �� ������� nokia 6500 http://umdxwixeuf.posterous.com/-tokyo-hotel-nokia-70-series ������� ���� � ���-������� tokyo hotel �� nokia 70 series http://ihbfnnjoq.posterous.com/nokia-51524 ������� ���������� ������������� ���� ��� nokia http://auwkjgovx.posterous.com/nokia-n-85 ������� ���� ��� nokia n 85 http://irtakd.posterous.com/123634392 ������� ���� �� �������  ����������� http://wmpuuh.posterous.com/123517770 ������� ���� ����� �� ������� http://uqkqsgjm.posterous.com/-nokia-n-73 �������  ����, ���� ��� �������� nokia n 73 http://kdnecdp.posterous.com/nokia-6300-87889 ������� ���� � ���� �� nokia 6300 http://rydtobgeq.posterous.com/z60i ������� ��������� ��� �������� z60i ��� �������� ������ http://xgxmcmhzaa.posterous.com/samsung-e950 ������� ���� �� ������� samsung e950 http://rjmaxnr.posterous.com/nokia-n73 ������� ���� ������ ����� ��� nokia n73 http://irtakd.posterous.com/610 ������� �������� ���� ��������� ������ �� ������� �610 http://mjpgvnbwrj.posterous.com/123525650 ������� ��������� + ��� ������������� ��������� http://imykkksxf.posterous.com/nokia-6290 ������� ���������� ���� ��� nokia 6290 http://ycnwcesrwc.posterous.com/123478427 ������� �������� ��������� ���� ��� ���������� �������� ���� http://ontmcznq.posterous.com/nokia-e-66 ������� ��������� � ���� ��� nokia e 66 http://kxoirxtf.posterous.com/123623434 ������� ������������� ��������� + ��� �������� http://cqgjct.posterous.com/iphone �������  ��������� ��� �������� iphone http://txrhrv.posterous.com/nokia6290 ������� ��������� ���� ��� nokia6290 http://veschj.posterous.com/123516137 ������� ���� ������� �� ������� http://modgwdvbx.posterous.com/swf ������� ���� �� �������  swf http://pjiedtjx.posterous.com/soni-ericsson-k350i �������  ���� ��� �������� soni ericsson k350i ������� http://garnierbuero.posterous.com/java ������� ���� java ��� �������� ����� http://atukusu.posterous.com/n-95 ������� ��������� ��� �������� n 95
 
 
{| align="right" border="1" cellpadding="2"
 
|-
 
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Gene name'''
 
|''tkt''
 
|-
 
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Synonyms''' || ''tktA ''
 
|-
 
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Essential''' || no
 
|-
 
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Product''' || transketolase
 
|-
 
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Function''' || pentose phosphate pathway
 
|-
 
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Interactions involving this protein in [http://cellpublisher.gobics.de/subtinteract/startpage/start/ ''Subt''Interact]''': [http://cellpublisher.gobics.de/subtinteract/interactionList/2/Tkt Tkt]
 
|-
 
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Metabolic function and regulation of this protein in [[SubtiPathways|''Subti''Pathways]]: <br/>[http://subtiwiki.uni-goettingen.de/pathways/carbon_flow.html Central C-metabolism]'''
 
|-
 
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''MW, pI''' || 72 kDa, 4.803  
 
|-
 
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Gene length, protein length''' || 2001 bp, 667 aa
 
|-
 
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Immediate neighbours''' || ''[[ynzC]]'', ''[[sirA]]''
 
|-
 
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"|'''Get the DNA and protein [http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+&#91;EMBLCDS:CAB13673&#93;+-newId sequences] <br/> (Barbe ''et al.'', 2009)'''
 
|-
 
|-
 
|-
 
|colspan="2" | '''Genetic context''' <br/> [[Image:tkt_context.gif]]
 
<div align="right"> <small>This image was kindly provided by [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/ SubtiList]</small></div>
 
|-
 
|}
 
 
 
__TOC__
 
 
 
<br/><br/><br/><br/><br/><br/>
 
 
 
= [[Categories]] containing this gene/protein =
 
{{SubtiWiki category|[[carbon core metabolism]]}},
 
{{SubtiWiki category|[[phosphoproteins]]}}
 
 
 
= This gene is a member of the following [[regulons]] =
 
{{SubtiWiki regulon|[[Spo0A regulon]]}}
 
 
 
=The gene=
 
 
 
=== Basic information ===
 
 
 
* '''Locus tag:''' BSU17890
 
 
 
===Phenotypes of a mutant ===
 
 
 
=== Database entries ===
 
 
 
* '''DBTBS entry:''' [http://dbtbs.hgc.jp/COG/prom/tkt.html]
 
 
 
* '''SubtiList entry:''' [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/genome.cgi?gene_detail+BG11247]
 
 
 
=== Additional information===
 
 
 
 
 
 
 
 
 
=The protein=
 
 
 
=== Basic information/ Evolution ===
 
 
 
* '''Catalyzed reaction/ biological activity:''' Sedoheptulose 7-phosphate + D-glyceraldehyde 3-phosphate = D-ribose 5-phosphate + D-xylulose 5-phosphate (according to Swiss-Prot)
 
 
 
* '''Protein family:''' transketolase family (according to Swiss-Prot)
 
 
 
* '''Paralogous protein(s):'''
 
 
 
=== Extended information on the protein ===
 
 
 
* '''Kinetic information:'''
 
 
 
* '''Domains:'''
 
 
 
* '''Modification:''' phosphorylated on ser/ thr/ tyr [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16493705 PubMed]
 
 
 
* '''Cofactor(s):''' thiamine pyrophosphate
 
 
 
* '''Effectors of protein activity:'''
 
 
 
* '''[[SubtInteract|Interactions]]:''' [[Tkt]]-[[Tpi]] {{PubMed|19193632}}
 
 
 
* '''[[Localization]]:'''
 
 
 
=== Database entries ===
 
 
 
* '''Structure:''' [[http://www.rcsb.org/pdb/cgi/explore.cgi?pdbId=3K95 3K95]], complex with thiamine diphosphate, from ''B. anthracis''
 
 
 
* '''UniProt:''' [http://www.uniprot.org/uniprot/P45694 P45694]
 
 
 
* '''KEGG entry:''' [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?bsu:BSU17890]
 
 
 
* '''E.C. number:''' [http://www.expasy.org/enzyme/2.2.1.1 2.2.1.1]
 
 
 
=== Additional information===
 
 
 
=Expression and regulation=
 
 
 
* '''Operon:''' ''tkt'' {{PubMed|9068642}}
 
 
 
* '''Expression browser:''' [http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=tkt_1919861_1921864_1 tkt] {{PubMed|22383849}}
 
 
 
* '''Sigma factor:'''
 
 
 
* '''Regulation:'''
 
** repressed under conditions that trigger sporulation ([[Spo0A]]) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/14651647 PubMed]
 
 
 
* '''Regulatory mechanism:'''
 
** [[Spo0A]]: transcription repression [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/14651647 PubMed]
 
 
 
* '''Additional information:'''
 
 
 
=Biological materials =
 
 
 
* '''Mutant:''' BS4530 (aphA3), available in [[Stülke]] lab
 
 
 
* '''Expression vector:'''
 
** pGP94 (N-terminal Strep-tag, for [[SPINE]], expression in B. subtilis, in [[pGP380]]), available in [[Stülke]] lab
 
** for expression, purification in ''E. coli'' with N-terminal Strep-tag, in [[pGP172]]: pGP820, available in [[Stülke]] lab 
 
   
 
* '''lacZ fusion:'''
 
 
 
* '''GFP fusion:'''
 
 
 
* '''two-hybrid system:''' B. pertussis adenylate cyclase-based bacterial two hybrid system ([[BACTH]]), available in [[Stülke]] lab
 
 
 
* '''Antibody:'''
 
 
 
* '''FLAG-tag construct:''' GP1406 (spc, based on [[pGP1331]]), available in the [[Stülke]] lab
 
 
 
=Labs working on this gene/protein=
 
 
 
=Your additional remarks=
 
 
 
=References=
 
==Reviews==
 
<pubmed>9924800 </pubmed>
 
==Original publications==
 
<pubmed>14651647,16493705, 19603213 9068642 16143417 15375635 19193632 </pubmed>
 
 
 
[[Category:Protein-coding genes]]
 

Revision as of 18:27, 18 April 2012

1804 http://uqkqsgjm.posterous.com/k750i ������� � ��� ����������� ��������� � �������� k750i http://hecydurw.posterous.com/nokia-8600-luna ������� ��������� ��� �������� nokia 8600 luna http://jibtbdabk.posterous.com/123642219 ������� ��������� ��� �������� ����������� ������������ ������� � �������� ��������� http://qqtjygkjx.posterous.com/123442889 ������� ���� �� ��� ������� http://dooooqo.posterous.com/3gp-java ������������� 3gp java �� ������� ������� http://bmgioiqje.posterous.com/yf-k7 ������� ���� yf ������� �������� k7 http://kdnecdp.posterous.com/samsung-d-600 ������� �� ������� samsung d 600 ���� http://kjhkqmri.posterous.com/123531799 ������� ��������� ���� ��� ��������� http://rydtobgeq.posterous.com/sony-ericsson-k510i ������� ���������� ���� �� ��������� ������� sony ericsson k510i http://wmpuuh.posterous.com/nokia7610 ������� ���� �� ������� nokia7610 http://peogoux.posterous.com/nokia-71709 ������� ���� �� �������� nokia http://ihbfnnjoq.posterous.com/nokia-9300 ������� ���� �� ������� ���� ��� nokia 9300 http://ennyehhv.posterous.com/123461761 ������� ��������� �������� ��� �������� http://enczfc.posterous.com/fly-2080 ������� ��������� ��� �������� fly 2080 http://kxoirxtf.posterous.com/blok-d ������� ���� ��� �������� blok d http://umdxwixeuf.posterous.com/mp4 ������� ��������� ������������� mp4 �� �������� http://bymkxqhu.posterous.com/123559899 ���� ���� �� ������� ������� http://zrpgdg.posterous.com/123582002 ������� ��������� ������ �������� �������� ��������� ������ http://sifeucqd.posterous.com/123498418 ������� ������ ���� ��� ���������� �������� ��� ��������� ��������� http://haennfju.posterous.com/lg-km900-arena ������� ��������� �� ��������� ������� lg km900 arena http://ujrjat.posterous.com/opera ������� ���� �� ������� opera http://rfapumhnx.posterous.com/750 ������� ���� ��� �������� ���� ������� � 750 �� http://enczfc.posterous.com/nokia-6131 ������� ���������� ��������� ��� ������������� ��������� nokia 6131 http://eaxiykmh.posterous.com/nokia-7210-super ������� ���� nokia 7210 super http://cqgjct.posterous.com/128-160 ������� ���� ��� �������� 128-160 http://cpjzrppn.posterous.com/sony-ericsson-k770i ������� ��������� ���� ���������� ��� �������� sony ericsson k770i http://bpamykir.posterous.com/nokia-6500 ������� ����� � ����������� ����������� �� ������� nokia 6500 http://umdxwixeuf.posterous.com/-tokyo-hotel-nokia-70-series ������� ���� � ���-������� tokyo hotel �� nokia 70 series http://ihbfnnjoq.posterous.com/nokia-51524 ������� ���������� ������������� ���� ��� nokia http://auwkjgovx.posterous.com/nokia-n-85 ������� ���� ��� nokia n 85 http://irtakd.posterous.com/123634392 ������� ���� �� ������� ����������� http://wmpuuh.posterous.com/123517770 ������� ���� ����� �� ������� http://uqkqsgjm.posterous.com/-nokia-n-73 ������� ����, ���� ��� �������� nokia n 73 http://kdnecdp.posterous.com/nokia-6300-87889 ������� ���� � ���� �� nokia 6300 http://rydtobgeq.posterous.com/z60i ������� ��������� ��� �������� z60i ��� �������� ������ http://xgxmcmhzaa.posterous.com/samsung-e950 ������� ���� �� ������� samsung e950 http://rjmaxnr.posterous.com/nokia-n73 ������� ���� ������ ����� ��� nokia n73 http://irtakd.posterous.com/610 ������� �������� ���� ��������� ������ �� ������� �610 http://mjpgvnbwrj.posterous.com/123525650 ������� ��������� + ��� ������������� ��������� http://imykkksxf.posterous.com/nokia-6290 ������� ���������� ���� ��� nokia 6290 http://ycnwcesrwc.posterous.com/123478427 ������� �������� ��������� ���� ��� ���������� �������� ���� http://ontmcznq.posterous.com/nokia-e-66 ������� ��������� � ���� ��� nokia e 66 http://kxoirxtf.posterous.com/123623434 ������� ������������� ��������� + ��� �������� http://cqgjct.posterous.com/iphone ������� ��������� ��� �������� iphone http://txrhrv.posterous.com/nokia6290 ������� ��������� ���� ��� nokia6290 http://veschj.posterous.com/123516137 ������� ���� ������� �� ������� http://modgwdvbx.posterous.com/swf ������� ���� �� ������� swf http://pjiedtjx.posterous.com/soni-ericsson-k350i ������� ���� ��� �������� soni ericsson k350i ������� http://garnierbuero.posterous.com/java ������� ���� java ��� �������� ����� http://atukusu.posterous.com/n-95 ������� ��������� ��� �������� n 95