Difference between revisions of "Talk:SubtiPathways"

From SubtiWiki
Jump to: navigation, search
(Cysteine, methionine)
(Central carbon metabolism)
Line 12: Line 12:
 
=== Central carbon metabolism ===
 
=== Central carbon metabolism ===
  
*(Please check whether the "y" genes in the diagrams have already new names. For example, yqjH is polY1. If you are on the PolY1 page in subtiwiki and you get the link to the pathway it is not obvious whtat to look for (PolY1) is not in the list. Jörg)
+
*(Please check whether the "y" genes in the diagrams have already new names. Jörg)
  
 
=== Utilization of different carbon sources ===  
 
=== Utilization of different carbon sources ===  

Revision as of 20:51, 29 January 2010

Discovered something unusual in the diagrams? Please leave a comment in the corresponding section!

General comments about all diagrams

  • There seem to be some compatibility problems using Google Chrome. Nonetheless, Mozilla Firefox, Netscape, Microsoft Explorer, Safari, and Opera are working properly.
  • Comments in brackets have been changed in the original files, but have not been uploaded yet.


Carbon metabolism

Central carbon metabolism

  • (Please check whether the "y" genes in the diagrams have already new names. Jörg)

Utilization of different carbon sources

  • (sugar between gluconate and xylose = beta-xylosides)



Nitrogen and amino acid metabolism

Ammonium assimilation and glutamate metabolism (incl. glutamine and arginine)

  • (die Anordnung der einzelnen Teile in diesem Diagramm ist suboptimal, sie sollten noch mal verschoben werden (Jörg))
  • write comments here

Alanine, glycine, serine

  • der Glycin-Abbau über gcvT, gcvPA, gcvPB und gcvH fehlt (Jörg)
  • write comments here

Aspartate, asparagine

  • (warum ist YveA hier nicht drin?)
  • write comments here

Cysteine, methionine

  • Repel: Eventuell Einbindung von Extramarkern für die S-Box (bzw. alle riboswitches)???? Es gibt ja dafür extra Seiten im Subtiwiki. Sollte man aber erst mal mit Lope und Arne diskutieren (Jörg)
  • Cystin-Aufnahme-Systeme mit aufnehmen: TcyP, TcyABC, TcyJKLMN (Jörg)

Histidine

  • write comments here

Isoleucine, valine, leucine

  • (beim Abbau Acyl-CoA nicht coA)
  • Isoleucin-Abbau: Bcd und YwaA sind zwei unterschiedliche Reaktionen, Bcd geht mit NAD, nicht mit 2-KG (Jörg)

Lysine, threonine

  • (SpoVF hieß das früher, jetzt sind es zwei Proteine (SpoVFA und SpoVFB), die kommen ja auch im Regulationsteil vor und sind richtig zu SubtiWiki verlinkt. Man sollte da also oben auch den Komplex aus beiden reinmachen und dann das Popup-Fenster entspechend verändern. Ich kopiere diese Message auhc mal auf die SubtiPathways-Wishlist, dann könnte das in einer größeren Überarbeitungsaktion mal in Angriff genommen werden.)

Phenylalanine, tyrosine, tryptophan

  • (pyr rot)
  • (Reaktionen Chorismat ---> Folat bzw. Menachinon stimmen nicht (sind viel komplizierter, dafür gibt es auch eigene Diagramme, am besten beide hier raus nehmen)) --> hab die Proteine an diesen Reaktionen herausgenommen und die Reaktionspfeile ersetzt, jetzt wird symbolisiert, dass bekannte Reaktionen zu Chorismat und Menachinon führen --> jetzt vielleicht Verlinkung zu den entsprechenden Diagrammen?

Proline

  • write comments here


Nucleotides

Gene regulation of nucleotides

  • (dut nicht in SubtiWiki --> ist vermutlich yncF (dUTP diphosphatase, Bezeichnung dut aus Paper Goelzer), im Diagramm ändern, Dut als Synonym übernehmen?)
  • (RpsA nicht in SubtiWiki --> ist vermutlich ypfD (RpsA = Homolog aus E.coli, Bezeichnung aus Paper Goelzer), im Diagramm ändern!)

Nucleosides catabolism

  • write comments here

Purine metabolism

  • write comments here

Purine catabolism

  • write comments here

Purine salvage pathways

  • (RelA muss groß geschrieben werden)
  • (GucA nicht in SubtiWiki)

Pyrimidine metabolism

  • write comments here



Metabolism of cofactors

CoA synthesis

  • write comments here

Folate biosynthesis

  • write comments here

Menaquinone

  • write comments here


Other pathways

Cellwall

  • write comments here

Stress response

  • (PurP muss PurS sein)
  • (SpoVt muss SpoVT sein)
  • (sigB groß)
  • (sigF groß)
  • (glutamate (bei Prolinsynthese) lila)
  • (OpuAABCD muss OpuB(ABCD) sein)

Sulfate assimilation

  • write comments here

tRNA charging

  • Arne, wir hatten doch eine Extra-Diskussion über die Rolle von TilS. Das fehlt hier aber! Jörg