Difference between revisions of "AlbF"

From SubtiWiki
Jump to: navigation, search
Line 1: Line 1:
−
* '''Description:''' antilisterial bacteriocin (subtilosin) production <br/><br/>
+
0808 <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=10\">http://manualsa.ru/?paged=10</a> <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a>  <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2</a>  <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2</a>  <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=6\">http://manualsa.ru/?paged=6</a>     <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a>   <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a>  <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a>  <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a>    <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a>  <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a>            <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/\">http://manuals-ua.pp.ua/</a>        <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a>  <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a>      <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a>  <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a>          <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10</a>      <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10</a>
−
 
 
−
{| align="right" border="1" cellpadding="2"
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Gene name'''
 
−
|''albF''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Synonyms''' || ''ywhN ''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Essential''' || no
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Product''' || unknown
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Function''' || antilisterial bacteriocin (subtilosin) production
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Gene expression levels in [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/ ''Subti''Express]''': [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/bsu/BSU37420 albF]
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''MW, pI''' || 48 kDa, 5.42 
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Gene length, protein length''' || 1278 bp, 426 aa
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Immediate neighbours''' || ''[[albE]]'', ''[[albG]]''
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"|'''Get the DNA and protein [http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+&#91;EMBLCDS:CAB15769&#93;+-newId sequences] <br/> (Barbe ''et al.'', 2009)'''
 
−
|-
 
−
|colspan="2" | '''Genetic context''' <br/> [[Image:albF_context.gif]]
 
−
  <div align="right"> <small>This image was kindly provided by [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/ SubtiList]</small></div>
 
−
|-
 
−
|colspan="2" |'''[http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=albF_3841017_3842297_1 Expression at a glance]'''&#160;&#160;&#160;{{PubMed|22383849}}<br/>[[Image:albF_expression.png|500px]]
 
−
|-
 
−
|}
 
−
 
 
−
__TOC__
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
 
 
−
 
 
−
<br/><br/>
 
−
 
 
−
= [[Categories]] containing this gene/protein =
 
−
{{SubtiWiki category|[[miscellaneous metabolic pathways]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[biosynthesis of antibacterial compounds]]}}
 
−
 
 
−
= This gene is a member of the following [[regulons]] =
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[AbrB regulon]]}},
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[ResD regulon]]}},
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[Rok regulon]]}}
 
−
 
 
−
=The gene=
 
−
 
 
−
=== Basic information ===
 
−
 
 
−
* '''Locus tag:''' BSU37420
 
−
 
 
−
===Phenotypes of a mutant ===
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''DBTBS entry:''' [http://dbtbs.hgc.jp/COG/prom/sboAX-albABCDEFG.html]
 
−
 
 
−
* '''SubtiList entry:''' [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/genome.cgi?gene_detail+BG12466]
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
=The protein=
 
−
 
 
−
=== Basic information/ Evolution ===
 
−
 
 
−
* '''Catalyzed reaction/ biological activity:'''
 
−
 
 
−
* '''Protein family:''' peptidase M16 family (according to Swiss-Prot)
 
−
 
 
−
* '''Paralogous protein(s):'''
 
−
 
 
−
=== Extended information on the protein ===
 
−
 
 
−
* '''Kinetic information:'''
 
−
 
 
−
* '''Domains:'''
 
−
 
 
−
* '''Modification:'''
 
−
 
 
−
* '''Cofactor(s):'''
 
−
 
 
−
* '''Effectors of protein activity:'''
 
−
 
 
−
* '''[[SubtInteract|Interactions]]:'''
 
−
 
 
−
* '''[[Localization]]:'''
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''Structure:'''
 
−
 
 
−
* '''UniProt:''' [http://www.uniprot.org/uniprot/P71006 P71006]
 
−
 
 
−
* '''KEGG entry:''' [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?bsu:BSU37420]
 
−
 
 
−
* '''E.C. number:'''
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
=Expression and regulation=
 
−
* '''Operon:''' ''[[sboA]]-[[sboX]]-[[albA]]-[[albB]]-[[albC]]-[[albD]]-[[albE]]-[[albF]]-[[albG]]'' {{PubMed|10572140}}
 
−
 
 
−
* '''Expression browser:''' [http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=albF_3841017_3842297_1 albF] {{PubMed|22383849}}
 
−
 
 
−
* '''Sigma factor:''' [[SigA]] {{PubMed|xxxxxx}} {{PubMed|10572140}}
 
−
 
 
−
* '''Regulation:'''
 
−
** repressed by [[Rok]] [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/15743949 PubMed]
 
−
** expressed under anaerobic conditions ([[ResD]]) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/10809710 PubMed]
 
−
** repressed during logrithmic growth ([[AbrB]]) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/10572140,17720793 PubMed]
 
−
 
 
−
* '''Regulatory mechanism:'''
 
−
** [[Rok]]: transcription repression [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/15743949 PubMed]
 
−
** [[ResD]]: transcription activation [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/10809710 PubMed]
 
−
** [[AbrB]]:  transcription repression [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/10572140,17720793 PubMed]
 
−
 
 
−
* '''Additional information:'''
 
−
 
 
−
=Biological materials =
 
−
 
 
−
* '''Mutant:'''
 
−
 
 
−
* '''Expression vector:'''
 
−
       
 
−
* '''lacZ fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''GFP fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''two-hybrid system:'''
 
−
 
 
−
* '''Antibody:'''
 
−
 
 
−
=Labs working on this gene/protein=
 
−
 
 
−
=Your additional remarks=
 
−
 
 
−
=References=
 
−
 
 
−
<pubmed>10809709,10572140,,15743949,10809710,10572140,17720793, </pubmed>
 
−
 
 
−
[[Category:Protein-coding genes]]
 

Revision as of 14:52, 8 August 2012

0808 <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=10\">http://manualsa.ru/?paged=10</a> <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=6\">http://manualsa.ru/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/\">http://manuals-ua.pp.ua/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10</a>

Retrieved from "http://134.76.20.203/wiki//index.php?title=AlbF&oldid=174522"